教育部2020年新修订的《教育体系内部审计工作规定》，明确高校内部审计的基本职能包括：

（一）监督职能

审计监督因受托责任而产生，当受托责任关系确立后，客观上就存在委托人对受托人进行监督的需要。自审计产生之日起，审计监督职能就开始存在。

（二）评价职能

审计评价是通过审计监督，对经济活动的真实性、合规性和有效性进行的确认和鉴定。审计评价是审计监督的成果。

1.真实性

真实性评价是对学校经济活动、业务活动等是否真实发生进行的评价；

2.合规性

合规性是对学校经济活动、业务活动等是否符合上级政策和学校规章制度进行的评价；

3.有效性

有效性评价是对学校经济活动、业务活动等是否达到预期的效果，是否实现预期目的进行的评价。

（三）建议职能

审计的最终目的是为了解决问题和预防问题。审计建议是现代审计工作的新理念，力足从根本上解决“屡审屡犯”问题。审计建议的内容包括解决问题的建议和预防问题的建议。审计建议的方式有书面建议和口头建议。